Deputi Bidang Karantina Tumbuhan mempunyai tugas menyelenggarakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan teknis di bidang karantina tumbuhan serta menyelenggarakan fungsi:

1. Perumusan kebijakan teknis di bidang karantina tumbuhan;
2. pelaksanaan kebijakan teknis di bidang karantina tumbuhan;
3. pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang karantina tumbuhan; dan
4. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Badan Karantina Indonesia.

Deputi Bidang Karantina Tumbuhan terdiri atas:

• Direktorat Standar Karantina Tumbuhan;
• Direktorat Manajemen Risiko Karantina Tumbuhan; dan
• Direktorat Tindakan Karantina Tumbuhan.